Na een periode van wedstrijdsport (kanoslalom) ging Bas van Stokkom in 1977 sociologie studeren in Tilburg, en later filosofie aan de Universiteit van Amsterdam. In 1990 promoveerde hij cum laude aan de Erasmus Universiteit Rotterdam (promotor Anton Zijderveld). De dissertatie handelde over de Franse politieke denker en syndicalist Georges Sorel. Aansluitend was hij ruim een jaar onderzoeker bij de Wiardi Beckman Stichting in Amsterdam, resulterend in De republiek der weerbaren. Burgerschap en sociaaldemocratie (1992).

Nadien brak een periode van ‘veelschrijverij’ aan: hij was een aantal jaren fulltime publicist voor onder meer Trouw en de Volkskrant. Tot de eeuwwisseling bleef hij regelmatig essays, opiniestukken en boekrecensies voor die kranten schrijven. Tussen 1994 en 2001 was hij tevens hoofdredacteur van Justitiële verkenningen, een tijdschrift dat gefocust is op veiligheid en recht doen. De politiek-filosofische opstellen over die periode – waarvan sommige in het tijdschrift Krisis verschenen – werden gebundeld in het boek Emotionele Democratie (1997). In 1998 was bij betrokken bij de Balie-debatten over 150 jaar grondwet die in de provinciehoofdsteden werden gevoerd, culminerend in het boekje De Provinciale Factor (1999).

Na 2000 pakte Van Stokkom het academische metier weer op. Tot 2004 was hij werkzaam als postdoc-onderzoeker aan de afdeling politicologie van de Universiteit van Amsterdam waar hij onderzoek verrichtte naar burgerparticipatie en interactieve beleidsvorming. De opbrengst van die studie was Rituelen van Beraadslaging (2006).

Tussen 2001 en 2010 was hij als senior onderzoeker bij het Centrum voor Ethiek van de Radboud Universiteit Nijmegen werkzaam. Hij was daar opvolger van Frans Denkers – de geestelijk vader van sociale zelfredzaamheid en conflictbemiddeling in Nederland – en verrichtte onderzoek op het grensvlak van filosofie, recht en criminologie. Kritische beschouwingen over de populistische tijdgeest en het bozige Nederlandse temperament verschenen in de studies Mondig tegen elke prijs. Het vrije woord als fetisj (2008) en Wat een hufter! Ergernis, lichtgeraaktheid en maatschappelijke verruwing (2010). Vanaf 2011 zette hij zijn Nijmeegse werkzaamheden voort bij de vaksectie strafrecht & criminologie aan de Faculteit der Rechtswetenschappen, waar het onderzoek voornamelijk op politie en lokale veiligheid gefocust was. Hij leverde bijdragen aan rapporten over handhaving, de basispolitiezorg, gemeentelijke handhavers en de rol van burgers in het lokale veiligheidsbeleid. Maar ook in die vaksectie bleef hij een generalist die publiceerde op het snijvlak van strafrecht en herstelrecht, vaak tegen de achtergrond van een angstcultuur en de opkomst van populistische strafverlangens. Vanaf 2015 was hij coördinator van de master-opleiding Veiligheidszorg, Recht en Bestuur. In 2019 ging Van Stokkom met pensioen, maar hij is nog steeds als research fellow verbonden aan het onderzoekscentrum Staat en Recht van de faculteit rechtsgeleerdheid van de Radboud Universiteit.

Vanaf 2001 was Van Stokkom betrokken bij het Tijdschrift voor Herstelrecht en sinds 2016 is hij hoofdredacteur. Dat tijdschrift poogt ontwikkelingen rondom pacificatie, bemiddeling en herstelgericht werken met slachtoffers en daders onder de aandacht te brengen. In 2014 gaf hij zijn redactiewerkzaamheden bij Beleid & Maatschappij op en trad toe tot de redactie van Tijdschrift over Cultuur en Criminaliteit. Tot op heden schrijft hij regelmatig bijdragen voor dat tijdschrift en stelt hij themanummers samen.